С
началом
войны часть молодых научных сотрудников
ушли на фронт. Институт был эвакуирован
в г. Ульяновск
(страницей раньше вы видели "избушку",
деревянный
домик в Ульяновске, в котором в годы войны
размещался ИАТ). Возглавил его в этот
период 
профессор
А.Ф. Шорин - специалист в области телемеханики
и связи, а после
его смерти (октябрь 1941 г.)
- член-корреспондент АН СССР В.И.
Коваленков, известный
работами по проводной связи.
В условиях военного времени выделились актуальные проблемы: автоматический контроль массовых изделий, разработка датчиков и системы борьбы с минной опасностью.
Работы по автоматическому контролю массовых изделий возглавил д.т.н., профессор В.А. Трапезников (1905-1994), будущий академик и директор Института, пришедший на работу в ИАТ в июле 1941 г.
Основным исполнителем был молодой инженер Б.Н. Петров. Им были разработаны основы теории электроконтактного метода контроля размеров и геометрической формы изделий. Разработан вибрационный электроконтактный измеритель, на базе которого уже к концу 1942 г. В. А. Трапезниковым и Б.Н. Петровым была создана и внедрена в производство серия автоматов для контроля и отбраковки патронных гильз крупного калибра (станок "ЛОГ" - локального обмера гильз). Много лет спустя этот станок демонстрировался в Политехническом музее г. Москвы.
С 1942 г. под руководством Б.С. Сотскова (со временем он станет д.т.н., профессором, членом-корреспондентом АН СССР) Н.Н. Шумиловским (которому ещё предстоит стать д.т.н., профессором, академиком Киргизской АН), А.П.Шорыгиным (тогда ещё не д.т.н.) и другими сотрудниками Института проводились работы по созданию противоминных и противоторпедных устройств для Военно-Морского флота.
Группа под руководством М.А. Гаврилова (впоследствии д.т.н., профессора, члена-корреспондента АН СССР) занималась на военном заводе наладкой релейной аппаратуры, разрабатывала способы борьбы с помехами применительно к задачам управления подвижными объектами.
Естественно, многие сотрудники ИАТа, в том числе и будущие, в это время находились на фронте. Среди них были и те, кому впоследствии предстояло стать корифеями науки об управлении: М.А.Айзерман, П.П.Пархоменко, Э.А.Трахтенгерц, Я.З.Цыпкин и многие другие. О тех из них, кто ещё здравствует, напоминает галерея фотографий на втором этаже лабораторного корпуса, или - как его зовут в Институте, КОНа (корпуса общего назначения). Увы, с годами галерея становится всё короче.
В 1943 г. Институт возвратился в Москву.
